Исследователи использовали передовые технологии и мультидисциплинарный подход, в котором используется система дегрона, индуцированная ауксином. Система дегрона, индуцированная ауксином — это метод, который целенаправленно разлагает белок за короткий период времени, что позволяет исследователям лучше понять его основную функцию. Эти инструменты были необходимы для изучения того, как острое истощение белка CTCF повлияет на клетку.
«Трудно определить истинную биологию CTCF, но мы использовали эти инструменты, чтобы предоставить прямые доказательства того, что CTCF регулирует доступность хроматина, и внести ясность в эту область», — сказал соавтор исследования.
Команда также изучила данные по мультиомике, включая методы, называемые ATAC-seq, RNA-seq, полногеномное бисульфитное секвенирование, Hi-C, Cut & Run и CRISPR-Cas9, а также глубокие протеомные и фосфопротеомные анализы с временным разрешением. в клетках, несущих ауксин-индуцированный дегрон.
«Междисциплинарное сотрудничество между нашими командами помогло сделать эти открытия возможными», — сказал автор Джунмин Пэн, доктор философии, директор Центра протеомики и метаболомики Сент-Джуд. «Лучшее понимание прямого действия CTCF поможет продвинуть область биологии транскрипции к более полной картине того, как эти процессы участвуют в таких заболеваниях, как рак».
Это исследование подчеркивает, что потеря CTCF восстанавливает доступность хроматина для всего генома, что играет критическую роль в регуляции транскрипции. Поскольку детский рак имеет относительно спокойный геном, поиск новых методов лечения требует лучшего понимания биологии рака на фундаментальном уровне.
Источник — aobe.