После каминг-аута о своей трансгендерности сестер Вачовски в 2012 и 2016 годах фанаты «Матрицы» начали искать пасхалки в фильмах, намекающие на их решение. Лилли Вачовски подтвердила эту теорию, пишет издание The Independent. Режиссер согласилась с доводами зрителей, что беспокойство, испытываемое Нео в борьбе со своим разумом, олицетворяет собой гендерную дисфорсию, а знаменитый момент с «красной таблеткой» связан с гормональной терапией.
Лилли Вачовски отметила, что изначальная идея фильма была в том, чтобы показать «аллегорию гендерной идентичности», однако мир был еще не готов принять такой замысел в 1999 году, когда кинолента вышла на широкие экраны.
Она подчеркнула, что персонах Свитч из первого фильма не просто так предстает в виде женщины в мире «Матрицы» и в виде мужчины в реальности.